O Programa de Investigação do CEE consubstancia-se, de um modo lato, ao estudo dos fenómenos educativos e do modo como os contextos formais e informais afetam esses fenómenos em todas as suas formas, na tradição da investigação produzida no âmbito das Ciências da Educação. Na linha dos processos de investigação que as redes académicas nacionais (e.g. Sociedade Portuguesa de Ciências da Educação) e internacionais (e.g. American Educational Research Association, European Research Association) desenvolvem no campo da educação e formação, no CEE realizamos e promovemos investigação tendo como foco a educação, a formação, os processos de ensino e de aprendizagem e demais atributos humanos a eles associados, assim como as interações, organizações e instituições que contribuem para os propósitos da Educação.
Procuramos desenvolver o nosso Programa de Investigação através de uma caraterização e interpretação dos fenómenos educativos sob diferentes perspetivas, suportadas em análises variadas e complementares com recurso a um largo espetro de métodos de pesquisa enquadrados em metodologias de cariz quantitativo e qualitativo.